いわゆるペンの線と鉛筆の線の書き方の違い。 別にどっちが良し悪しってわけでもないんですがペン入れすると野暮ったいとか線が死んでしまうという人は自分の絵の適正とあってないこともあるのでペンの強制入り抜きなどを使うと改善できる場合もあります
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※補足 線画にラスターレイヤーを使っている方は 一度線画を複製したものをベクターに変換してそちらを塗りつぶし用線画として使うと非常に楽です。最終的には元の線画を戻してください。